在轮台县东南方向的荒漠戈壁上，矗立着一座古城——卓尔库特古城。多年考古发掘显示，古城使用时期与西汉时期西域都护府的存续时段高度重合。

卓尔库特古城是巴州境内目前发现面积最大的古城遗址，总面积约40万平方米，2019年被列入国家重点文物保护单位。公元前60年，汉朝设立西域都护府，根据《汉书·西域传》记载，西域都护府治所乌垒城就在今天的轮台县境内。2018年，北京大学与新疆文物考古研究所联合启动“考古中国”重大项目“汉代西域都护府军政建置体系考古”，选定轮台县的卓尔库特古城和奎玉克协海尔古城作为重点发掘对象。

北京大学考古文博学院教授 陈凌：从出土的遗物的形制，它（卓尔库特古城）的整个使用年代就落在了汉代，魏晋南北朝就废弃掉了，这跟历史文献记载，当时轮台这个区域的城镇变化的时间是完全吻合的。

考古发掘表明，卓尔库特古城由内城、外城、高台城址三重城构成，城墙可以分为三期：最早一期为战国时期，第二期为两汉时期，第三期为魏晋时期。古城在两汉时期最为繁盛，城池规模、功能布局、延续年代和史书记载的西汉时期西域都护府相匹配。

北京大学考古文博学院教授 陈凌：设立西域都护府就标志着新疆正式纳入中国版图，当然此前西域地区和中原的交流一直是存在的，只不过从这以后，首先行政管理上走上了正常化的轨道，开启了2000年来，历代中央政权有效治理新疆的一个起始点。

现在，卓尔库特古城被列入自治区考古遗址公园，并与西域都护府博物馆一同在2025年对外开放。